Η υπηρεσία μεταξύ άλλων έχει ως αποστολή την υποστήριξη του Υπουργείου Εσωτερικών και της Γενικής Γραμματείας Οικογενειακής Πολιτικής και Ισότητας των Φύλων του Υπουργείου Εργασίας και Κοινωνικών Υποθέσεων στην αποτύπωση, ιεράρχηση και εξειδίκευση των αναγκών στο σύνολο των τομέων πολιτικής τους καθώς και την ενίσχυση της διοικητικής τους ικανότητας σε σχέση με τα Επιχειρησιακά Προγράμματα (ΕΠ) του Εταιρικού Συμφώνου για το Πλαίσιο Ανάπτυξης (ΕΣΠΑ) 2014-2020.